Covid-19 et les sous-variants de Delta

Un variant peut en cacher un autre ! Comme toutes les deux semaines, Santé publique France a publié sa nouvelle analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 (publiée le 13 août 2021). Montrant une situation très différente de celle observée à la fin du mois de mai, quand Alpha était encore largement majoritaire et Delta débutait à peine sa conquête de la France.

Delta domine la France et le monde

Aujourd’hui, la situation est complètement inversée : Delta représente 98 % des nouveaux cas répertoriés dans l’Hexagone, alors que les autres variants qui inquiétaient la France en mai, notamment Beta, Gamma et 20I/484K (variant du variant Alpha), ont presque disparu du territoire (voir graphique 1).

Graphique 1. Évolution des variants majoritaires en France entre les mois de juin et juillet 2021, selon les enquêtes Flash de Santé publique France. Seuls les variants détectés dans la dernière enquête sont présentés. Cliquez pour voir en plus grand. Crédit : Nicolas Gutierrez C.

Cette domination de Delta ne s’arrête pas aux frontières françaises. Selon le site de partage de séquences internationales de Sars-CoV-2 Gisaid, le variant Delta représentait 97,62 % des séquences mondiales partagées pendant la semaine 32 (du 3 au 9 août). Cependant, cet apparent monopole épidémique cache une réalité bien plus complexe. Car grâce à sa propagation globale, le variant Delta a pu lui-même évoluer, donnant naissance à des petits variants qui concourent entre eux pour la domination mondiale.

Les sous-variants de Delta

Selon le site CoV-Spectrum, conçu par des chercheurs de l’École polytechnique fédérale de Zurich avec les données de Gisaid, au moins 12 variants issus du Delta originel sont actuellement dans cette compétition (voir graphique 2).

Graphique 2. Évolution des sous-variants du variant Delta dans le monde depuis la mi-mai (semaine 20), représentés comme le pourcentage de séquences partagées par semaine. La version originelle de Delta (bleu foncé) représente environ la moitié du total. Cliquez pour voir en plus grand. Crédit : Nicolas Gutierrez C.

Selon les estimations de l’avantage évolutif de chacun de ces variants réalisé par ce site, le Delta originel reste plus rapide que la plupart de ses petits, excepté les variants AY.3 et AY.7 qui semblent plus performants. Les chercheurs de Santé publique France et du CNR des virus des infections respiratoires (co-auteurs de l’analyse de risque) ont eux aussi remarqué cette meilleure performance du AY.3 (et son sous-variant AY.3.1), qu’ils ont ajouté aux variants préoccupants en France. Selon ce rapport, ces sous-variants progressent actuellement aux États-Unis (10 % des séquences mi-juillet) et en Europe. C’est d’ailleurs de ce continent que proviennent 45 % des séquences partagées de ce sous-variant. La démonstration que même un variant ultraperformant comme Delta peut générer des variants encore plus inquiétants…


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